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Le 15 décembre 2016, Thierry Mandon, secrétaire d'Etat chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et Michael Matlosz, président directeur général de l'agence ont signé le premier contrat d'objectifs et de performance engageant l'ANR et l'Etat sur la période 2016 à 2019.
Le contrat d'objectifs et de performance est le fruit d'échanges entre l'ANR et le ministère de tutelle chargé de la recherche qui inscrit l'agence dans une démarche de progrès pour répondre aux enjeux d'aujourd'hui et de demain. Ce premier contrat symbolise une nouvelle étape pour l'agence en positionnant davantage l'ANR comme un établissement public opérateur de l'état au service de la recherche publique et privée. Il est aussi une opportunité de renforcer la lisibilité de son action et de son rôle auprès de ses parties prenantes.

Ce contrat exprime une ambition partagée : conforter l'ANR comme principal financeur sur appels à projets compétitifs de la recherche en France, en soutenant les recherches de grande qualité, en favorisant tous les partenariats de recherche (académiques, public-privé, internationaux), en renforçant le dialogue, l'information et la communication et en simplifiant les dispositifs qu'elle met à disposition des chercheurs et de l'ensemble des acteurs de la recherche et de l'innovation.
Il est structuré autour de 5 axes fixés pour la période 2016-2019 :

Axe 1 : La garantie de l'excellence scientifique et la qualité de la sélection de projets de recherche et d'innovation : Il s'agit de consolider l'équité et la transparence et de renforcer la compréhension et l'efficience des procédures mises en oeuvre par l'agence, conformément aux standards internationaux en la matière.

Axe 2 : La priorisation et l'optimisation des actions de coopération européenne et internationale : L'agence améliorera la cohérence et la clarté des actions collaboratives qu'elle propose, en accord avec la politique nationale de recherche et dans le cadre d'échanges renforcés avec ses partenaires nationaux et étrangers.

Axe 3 : L'analyse d'impact et l'ouverture des données : Il s'agit de faciliter l'accès aux données de soumission et de financement et de décrire les effets des différentes modalités de financement de l'ANR sur le paysage scientifique et leurs retombées dans la société.

Axe 4 : La qualité du service rendu : L'objectif est de s'engager dans une véritable démarche de dialogue avec les publics utilisateurs ainsi qu'avec les parties prenantes de l'agence et de développer une communication pédagogique afin d'augmenter la satisfaction des communautés.

Axe 5 : L'efficience de l'établissement et de ses activités : L'agence perfectionnera ses outils de pilotage et de suivi et optimisera son fonctionnement pour répondre au mieux aux enjeux stratégiques.